《中华人民共和国环境保护税法》已由第十二届全国人民代表大会常务委员会第二十五次会议于2016年12月25日通过，自2018年1月1日起施行。根据税法授权，2017年11月29日自治区人大第十二届人民代表大会常务委员会第三十三次会议通过《新疆维吾尔自治区人大常委会关于确定自治区环境保护税应税大气污染物、水污染物使用税额和征税范围的决定》。为确保全疆环境保护税顺利开征，自治区人民政府印发了《关于环境保护税税收归属有关事宜的通知》，对环境保护税收入归属明确如下：
一、为充分调动各地州市税收资金收缴的积极性和治理环境污染的责任意识，进一步加强保护和改善环境工作力度，增加环境保护投入，自治区人民政府决定，按照属地原则，环境保护税全部留归各地(州、市)，缴入各地(州、市)本级国库，纳入一般公共预算管理，自治区暂不参与分享。
二、兵团辖区原排污费改征环境保护税后，全部缴入自治区级国库。根据中央确定的税收分成办法，以2015年兵团所辖市排污费完成数为基数，实行超基数增量分成。
